Στις αρμοδιότητες του Αυτοτελούς Τμήματος Διοικητικής Υποστήριξης Γενικής Διεύθυνσης Οικονομικών και Διοικητικών Υπηρεσιών είναι η κατάρτιση, παρακολούθηση και εκτέλεση του Προϋπολογισμού των Διευθύνσεων που η Γενική Διεύθυνση Οικονομικών και Διοικητικών Υπηρεσιών εποπτεύει καθώς και ο συντονισμός και η διεκπεραίωση των διαδικασιών ανάθεσης δημοσίων συμβάσεων και άλλων δαπανών αυτών. Επιπλέον, παρακολουθεί επιτελικά, ζητήματα που αφορούν το ανθρώπινο δυναμικό  όλων των Διευθύνσεων της Γενικής Διεύθυνσης.